2003 год
Ходорковский, считавшийся одним из богатейших людей в мире, задержан в новосибирском аэропорту на пути в Иркутск. Его обвинили в хищении имущества, уклонении от уплаты налогов и других экономических преступлениях. Бизнесмена поместили в СИЗО «Матросская тишина». В ноябре Ходорковский подает в отставку с поста председателя правления «ЮКОСа».
2004 год
В заключении Ходорковский пишет статью «Кризис либерализма в России». Через адвокатов ее передают в редакцию газеты «Ведомости», где она была опубликована в апреле 2004 года. В декабре 2004 года Ходорковский написал второй текст — «Тюрьма и мир: Собственность и свобода», посвященный уничтожению «ЮКОСа».
2005 год
Михаил Ходорковский и Платон Лебедев признаны виновными по 6 статьям УК РФ и приговорены к восьми годам лишения свободы. Суд решил, что они сформировали преступную группу, чтобы завладеть акциями компании «Апатит» и продавать ее продукцию «ЮКОСу». В октябре экс-глава «ЮКОСа» прибыл в колонию ЯГ 14/10 в Читинской области. Попав в колонию, Ходорковский заявляет, что планирует заниматься научной деятельностью. В августе 2005 года опубликована статья Ходорковского «Левый поворот», в которой бывший бизнесмен прогнозирует возврат к социальному государству.
2006 год
В феврале Ходорковский просит руководство колонии разрешить ему заниматься научной деятельностью вместо работы в швейном цехе, но получает отказ. В течение года заключенный трижды попадает в ШИЗО. Первый раз в январе за обнаруженные у него приказы Минюста. Второй раз в марте за распитие чая с сокамерником в неположенном месте. В третий раз в июне за нарушение пункта тюремных правил, которые запрещают «продавать, покупать, дарить, принимать в дар, отчуждать иным способом в пользу других осужденных либо присваивать продукты питания, предметы и вещества, находящиеся в личном пользовании». В апреле сокамерник Ходорковского Кучма напал на экс-главу «ЮКОСа» с сапожным ножом. Кучма порезал Ходорковскому лицо, после чего последнего перевели в одиночную камеру. В 2011 году заключенный признается, что напал на бизнесмена не по своей воле. В декабре 2006 года Ходорковского и Лебедева переводят в читинский СИЗО.
2007 год
В феврале Ходорковскому и Лебедеву предъявлены новые обвинения. На этот раз в хищении и отмывании денег. По версии Генпрокуратуры, бизнесмены похитили нефть общей стоимостью 850 миллиардов рублей.
2008 год
Суд предъявил Ходорковскому и Лебедеву новые обвинения в хищении 350 млн тонн нефти. В июле 2008 года адвокаты Ходорковского подали прошение об УДО в Ингодинский районный суд Читы, но суд его отклонил. В этом же году бизнесмен дал интервью изданию «The Moskow Times», в котором высказался в поддержку действий Дмитрия Медведева в ходе грузино-осетинского конфликта, заявив, что у российского президента «не было выбора». В октябре 2008 года журнал Esquire опубликовал интервью, которое Ходорковский дал писателю Борису Акунину. За этот текст экс-глава «ЮКОСА» попал в карцер на 12 дней.
2009 год
В феврале Михаила Ходорковского и Платона Лебедева этапируют в Москву. 3 марта начинаются предварительные слушания по второму делу в Хамовническом суде. Их обвиняют в похищении и легализации акций дочерних обществ «Восточной нефтяной компании» на сумму 3,6 млрд руб, а также в присвоении нефти на сумму более 892,4 млрд руб. и легализации части этих средств. Ходорковский называет обвинения абсурдом.
В июне журнал «Коммерсантъ-Власть» публикует статью Ходорковского «Россия в ожидании суда», в которой он представил план масштабной судебной реформы в России.
В декабре у Михаила Ходорковского рождается внучка.
2010 год
17 мая Ходорковский объявляет голодовку из-за того, что суд продлил срок его содержания под стражей. Он направляет письмо председателю Верховного суда, в котором заявляет, что продление ареста противоречит новому закону, запрещающему заключать под стражу обвиняемых в экономических преступлениях без достаточных оснований. Голодовку Ходорковский прекращает через два дня, после того, как пресс-секретарь президента Медведва сообщает, что он знаком с текстом письма.
14 декабря Ходорковский удостаивается награды за правозащитную деятельность — Rainer Hildebrandt International Human Rights Award.
30 декабря судья Хамовнического суда Виктор Данилкин признает Михаила Ходорковского и Платона Лебедева виновными и приговаривает к 14 годам заключения с учетом ранее отбытого срока. Позже пресс-секретарь суда Наталья Васильева заявляет в интервью, что судья «советовался и прислушивался к мнению Мосгорсуда». Данилкин называет это утверждение клеветой, а Мосгорсуд — провокацией.
2011 год
В январе выходит книга «Михаил Ходорковский. Статьи. Диалоги. Интервью». В книге представлены различные публикации Ходорковского и его переписка с российскими писателями. Автором предисловия стал Леонид Парфенов.
27 мая Ходорковский и Лебедев подают в Преображенский районный суд Москвы ходатайства об условно-досрочном освобождении. Суд оставляет ходатайства без рассмотрения.
В июне 2011 года Ходорковского этапируют в исправительную колонию № 7 в городе Сегежа в Карелии.
2012 год
2 августа через СМИ Ходорковский обращается к бизнес-омбудсмену Борису Титову и просит его провести общественную экспертизу по второму уголовному делу. По мнению Ходорковского, его приговор стал «модельным» для уголовных дел многих предпринимателей. В ответ Титов предложил Ходорковскому официально, по регламенту, обратиться в центр «Бизнес против коррупции».
20 декабря президиум Мосгорсуда снижает срок заключения Ходорковскому и Лебедеву с 13 до 11 лет, переквалифицировав обвинения в связи с либерализацией Уголовного кодекса.
2013 год
24 апреля газета «Ведомости» публикует статью Михаила Ходорковского «О политических преследованиях в России», в которой он отметил дело Алексея Навального и Болотное дело и призвал «всех приличных людей» к публичной солидарности.
В сентябре Ходорковский удостаивается ежегодной премии Леха Валенсы за «смелость в продвижении ценностей гражданского общества, решительность в утверждении основ экономической свободы и стойкую борьбу за справедливость и человеческое достоинство».