Алексей Навальный делает первые шаги в политике во время учебы в Финансовой академии при правительстве РФ. Он вступает в партию «Яблоко» в 2000 году, через два года избирается в региональный совет московского отделения, а уже в 2003 руководит предвыборной кампанией партии на выборах в Госдуму в Москве. Вершиной политической карьеры Навального в «Яблоке» стала должность заместителя главы московского отделения партии.
В 2005 году Навальный принимает участие в создании молодежного движения «ДА!» вместе с функционером «Союза правых сил» Марией Гайдар и журналисткой Натальей Морарь. В это же время он знакомится с лидером «Союза правых сил» Никитой Белых.
Осенью 2006 года Навальный выступает в качестве наблюдателя в оргкомитете «Русского марша». В 2007 году вместе с журналистом Сергеем Гуляевым и писателем-нацболом Захаром Прилепиным Алексей создает национально-демократическое движение «Народ». После подписания соглашения о сотрудничестве с ДПНИ и партией «Великая Россия», Навальный заявляет о том, что «Народ» сможет участвовать в думских выборах и имеет шансы получить большинство голосов. В 2011 году «Народ» прекращает свое существование, поскольку, по словам самого Навального, движение «организационно не состоялось».
В 2007 году Навальный покидает пост замглавы московского «Яблока», а вскоре, во время заседания Бюро партии его исключают с формулировкой «за нанесение политического ущерба партии, в частности, за националистическую деятельность». Сам Алексей уверен, что его исключили за предложение отправить в отставку Явлинского.
Покинув «Яблоко», Навальный начинает покупать пакеты акций крупнейших российских госкомпаний, в том числе «Сургутнефтегаза», «Транснефти», «Роснефти», «Газпромнефти», ТНК-BP, «Сбербанка» и «ВТБ» и вскоре требует отчетов о работе руководства компаний на правах миноритарного акционера.
В 2009 году Навальный становится советником губернатора Кировской области, экс-лидера «СПС» Никиты Белых.
2010 году Навальный проходит обучение в Йельском университете по программе Yale World Fellows по рекомендациям политика Гарри Каспарова, журналистки Евгении Альбац и экономиста Сергея Гуриева.
В ноябре 2010 года Алексей Навальный публикует в собственном блоге расследование деятельности топ-менеджмента компании «Транснефть». Пост с названием «Как пилят в Транснефти» приносит блогеру Навальному широкую известность в рунете и репутацию борца с коррупцией.
В декабре 2010 года блогер создает проект «РосПил», который призван бороться с коррупцией в госзакупках. О сборе средств на оплату работы юристов «РосПила» Навальный объявляет 2 февраля 2011 года, через две недели на «Яндекс-кошелек» организации поступает 4,5 млн руб.
Успех «РосПила» вдохновляет Навального на создание целой серии проектов. Так, в 2011 году появляется «РосЯма» — база дефектов российских дорог, которая помогает пользователям составлять жалобы на неровный асфальт, в 2012 — проект «РосВыборы», созданный для того, чтобы координировать наблюдение за президентскими выборами, и позднее сервис «РосЖКХ», позволяющий эффективно жаловаться на работу коммунальных служб. Все проекты объединяет Фонд Борьбы с коррупцией, созданный Навальным в 2011 году. Фонд занимается сбором пожертвований, а основным принципом его работы становится прозрачность взносов и расходов.
В феврале 2011 года Навальный в эфире радиостанции «Финам FM» впервые называет «Единую Россию» «партией жуликов и воров». Фраза мгновенно становится интернет-мемом и вызывает массу претензий (в том числе и судебных) к автору со стороны единороссов.
В июле 2011 года Навальный в своем блоге впервые озвучивает стратегию на предстоящих парламентских выборах — «голосуй за любую партию, кроме «Единой России».
В ноябре 2011 года он выступает со сцены на «Русском марше». Хотя свое выступление политик посвятил в основном коррупции во власти, ему не удается избежать обвинений в симпатиях к радикальным националистам. На «Русский марш» в 2012 году Навальный не пошел, по его словам, из-за болезни.
5 декабря 2011 года, на следующий день после выборов в Госдуму, Навальный участвует в протестном митинге на Чистых прудах. Митинг заканчивается столкновениями с полицией. Алексей получает 15 суток административного ареста. Находясь в СИЗО, он пропускает первый крупный митинг оппозиции на Болотной площади. Навальный становится негласным лидером протестного движения, он выступает со сцены почти на каждом крупном митинге и, как правило, принимает участие в организации акций. Он участвует в организации «Марша миллионов» 6 мая 2012 года и становится одним из инициаторов сидячей забастовки у кинотеатра «Ударник». В тот день Навального задерживает полиция, а на площади начинаются столкновения демонстрантов с бойцами ОМОНа. После задержания на Болотной оппозиционер снова получает 15 суток ареста, а более десятка рядовых участников акции становятся фигурантами уголовного дела о массовых беспорядках.
В конце мая Навальный запускает агитационный проект «Добрая машина правды». Сервис позволяет всем желающим автоматически распространять в соцсетях информацию о злоупотреблениях региональных и федеральных чиновников.
В 2012 году ведущие зарубежные СМИ называют Навального главным оппозиционным политиком в России. Журнал TIME включает его в свою ежегодную сотню самых влиятельных людей на планете.
В октябре 2012 года Навальный занимает первое место на выборах в Координационный совет оппозиции, набрав 43,7 тыс. голосов.
В декабре 2012 года навальный становится фигурантом сразу нескольких уголовных дел. 14 декабря Следственный комитет сообщил о возбуждении дела в отношении Алексея и его брата Олега Навального по обвинению в мошенничестве. По версии следователей, учрежденная братьями фирма ООО «Главное подписное агентство» в 2008 году обманом заключила договор с компанией «Ив Роше» на оказание услуг по завышенной стоимости. Однако в мае 2013 года Мосгорсуд отменяет постановление о возбуждении уголовного дела.
24 декабря 2012 года СК вновь сообщает об уголовном деле в отношении Навального. В этот раз речь идет о хищении средств партии «Союз правых сил», которое якобы совершила в 2007 году принадлежащая Навальному компания «Аллект».
17 апреля 2013 года начинается судебный процесс по возобновленному делу «Кировлеса». По версии следствия, блогер присвоил имущество предприятия на 16 млн руб., когда работал советником губернатора Белых.
Несмотря на угрозу реального срока по делу «Кировлеса» Навальный принимает решение баллотироваться на выборах мэра Москвы, которые пройдут в единый день голосования 8 сентября 2013 года. Политик становится шестым зарегистрированным кандидатом на предстоящих выборах.